Madame Bourgon a une connaissance approfondie de la fonction publique et de l'administration publique. De 1975 à 1989, elle occupe divers postes d'importance croissante au ministère des Pêches et Océans, au ministère de l'Expansion industrielle régionale, au Bureau des relations fédérales-provinciales et au ministère de l'Énergie, des Mines et des Ressources.

En 1989, Madame Bourgon est promue au rang de sous-ministre. De 1989 à 1994, elle est successivement sous-ministre de Consommation et affaires commerciales, secrétaire du Cabinet pour le Bureau des relations fédérales-provinciales, Présidente de l'Agence canadienne de développement international et sous-ministre des Transports.

En 1994, Madame Bourgon est nommée greffier du Conseil privé et secrétaire du Cabinet. Elle fut le dix-septième greffier du Conseil privé du Canada et la première femme à occuper ces fonctions. Madame Bourgon a occupé le poste de greffier du Conseil privé, secrétaire du Cabinet et chef de la Fonction publique du Canada de 1994 à 1999.

En décembre 1998, Madame Bourgon a été invitée au Conseil privé de la Reine pour le Canada en reconnaissance de toutes ses années consacrées au service du pays. L'honorable Jocelyne Bourgon est présentement la présidente du Centre canadien de gestion.

Madame Bourgon fait partie de plusieurs conseils d'administration tels le « Commonwealth Association for Public Administration and Management » (CAPAM), Civil Service College de Singapour, le Conseil de l'unité canadienne, l'Institut de cardiologie (l'Université d'Ottawa), le Conseil national sur le leadership, le Forum des fédérations, le « Public Executive Program » (Université Queen's), Université d'Ottawa, et Opéra Lyra Ottawa.